まだ俺も色々わかっていない事だらけなのですが、フラッシュカートリッジを作る時に元となるカセットをどれ買ってくれば良いのか悩むと思います。
色々検索すれば出てくるのですが、入門用にまとまっているのを見たことがないので判っている範囲でここに書いていこうと思います。
(エントリは増やさず追記していきます)
改造方法は追々確立次第別エントリーで書きます。

※ROMをネットからダウンロードしてきて書き込んで使おうなんて事はやらないで下さい。
そういうのは論外ですし見つけたら通報しますｗ
●Nintendo MMC5
・KOEI 維新の嵐(基板名HVC-ETROM-01)
・KOEI ランペルール(HVC-ETROM-02)

まず俺の場合、実機で沙羅曼蛇AC DELTAがやりたかったので対応しているMMC5の基板を探すところから始めました。
音源としての性能はファミコン純正音源の矩形波部分の2chのみですが、本体の音源に加えて矩形波2音追加は良い感じで馴染む音で同時発音数を増やすので良い感じ。


余談ですが沙羅曼蛇AC DELTAは2017年現在も精力的にアップデートされていてどんどんアーケードに近づいています。
80～90年代のゲームハードを解析しまくって得た最新技術でここまで出来るんだという素晴らしい例だと思います。オッサンほいほい間違いなし。
当たり前ですが、沙羅曼蛇のオリジナルROMにパッチをあててアップデートするので吸い出し用にオリジナルのROMも買っておきましょう。
ダウンロードしてきて済まそうと思っているのならフルスイングで著作権棒で叩きますよ。
こういうのがあるからファミコン面白い。他のプラットフォームでも色々あるので試してみたいのですが、手が回りませんｗ
メガドラとかもそのうち遊びたいです。


さて話をもどしますが、KOEIの維新の嵐とランペールールで問題無いと思います。
他のMMC5カートリッジの場合WRAM(ワークRAM?)が一つしか乗っていなかったりするので拡張性も考えればこれだと思います。
(全部手に入れて調べました)


このマッパー(MMC5)の良いところはデカイので探しやすい、かつ中身がDIP構成のモノしか無い(?)という事です。
(後述のnamcot163は当たり外れがあります。)
拡張音源も乗ってます。
問題はファミコン後期に出た、極限まで使ってやるぜ的なかなり複雑な構成です。
いきなり初心者お断り感出まくっています。
しかし実際の所他のマッパーとやることは同じなので丁寧にやれば動くと思います。
動かなかった時に悩みまくりますけどｗ
ETROM-01と02の違いは製造の都合で変更された部分がごく僅かにあるだけでどちらでも構いません。
ネジ止めなので殻割りはしなくて良いのですが、特殊ドライバーが必要です。
SFCのカートリッジや本体の分解にも使えるのでこの際揃えておくと良いと思います。
うちはENGINNERの2本を買いました。

カートリッジに使うのはDTC-20の方です。SFCのカートリッジも同じです。
●コナミ VRC VI
・魍魎戦記MADARA

エスパードリーム2もVRC6ですが情報が少ないので避けた方が良いと思います。
手に入れましたが調べていません。
殻割りが比較的難しいです。
●コナミ VRC VII
・ラグランジュポイント

タイニートゥーンアドベンチャー2もVRC7が乗っていますがフラッシュカートリッジにするにはかなり面倒臭いので避けた方が良いと思います。
音源はFM音源です。
殻割りが比較的難しいです。
●nacot163
・ナムコ 貝獣物語(バッテリーバックアップ機能付き)
・ナムコ ファミスタ’90(バッテリーバックアップ機能付き)

今のところ俺は一つしか当たりを引いていません。
namcotは163に限らず当たり外れがあるので手に入れる難易度は高めです。
うちにあった怪獣物語は一つ外れで一つ当たりでした。
貝獣物語わりと高価で取引されているので博打うつには躊躇します。
音源は波形メモリ方式なのでnamcoっぽい音が楽しめます。
はずれの例

黒樹脂で固められていて手も足も出ません。
音源としてnamcot163のチップ単体で欲しいのならDIPであるとこが確実なのがDRAGON NINJAです。バッテリーバックアップ機能はありません。
(こひめさん情報提供ありがと～)

音源は波形メモリ音源でMSXのSCCなんかに通じる独特の音色を奏でます。
殻割りが比較的難しいです。
●Sunsoft5B
これを手に入れるのに必要なのは強運のみです。
搭載されている可能性があるのはドッジ弾平・グレムリン2・バーコードワールド辺りで、FME-7が乗っている可能性の方が高く、運が良ければ5Bが乗っているという状態なのでくじみたいなモノです。(確立高めなドッジ弾平くじで自分で当てたのはまだ一つです)
FME-7は5Bの音源を無くした純粋なマッパです。
音源を使っているソフトはギミック！のみ。
ゆえ確実に乗っているのはギミック!なのですが数万円のプレミア価格付いているので、運良く手に入れてもフラッシュカートリッジにするよりそのままコレクションにした方が良いです。
地方のリサイクルショップに安価で出ていたという情報もたまに流れますので狙ってみてはいかが。
音源自体はAY-3-8910(PSG)なので音を鳴らすだけの目的なら秋月で売ってるYAMAHAのSSGで十分です。
●その他のマッパー
拡張音源の乗っていないマッパはあまり興味が無いのでまだまったく調べてません。